In seguito agli Accordi di Sokovia, lo S.H.I.E.L.D. viene nuovamente legittimato sotto la guida di un nuovo direttore che istituisce un sistema molto più paranoico e regolamentato nominando Simmons sua assistente, incaricando May di addestrare le reclute ed assegnando a Coulson e Mack il compito di catturare Daisy, la quale nel frattempo ha lasciato l’organizzazione divenendo la vigilante nota come “Quake” e, una sera, a Los Angeles, dopo aver inseguito dei membri della Fratellanza ariana, li osserva venire brutalmente assassinati da “Ghost Rider”. In virtù del loro coinvolgimento personale, Mack e Coulson vengono sollevati dal caso Quake per ordine del direttore ma May riesce a informarli di nascosto dell’ultimo avvistamento della ragazza permettendo che la raggiungano prima della nuova task force incaricata di fermarla. Radcliffe presenta nel frattempo Aida, il suo prototipo di Life Model Decoy, a Fitz chiedendogli di aiutarlo a perfezionarla, richiesta cui il ragazzo acconsente decidendo però di tenerlo nascosto a Simmons data la sua nuova posizione, che la costringe intanto ad ordinare a May di fermare Mack e Coulson dopo aver scoperto la loro indagine clandestina. Una volta giunti a Los Angeles, gli agenti dello S.H.I.E.L.D. riescono a trovare unicamente i bersagli di Daisy, un gruppo di gangster entrati in possesso di una cassa contenente un’entità soprannaturale che li porta ad uccidersi a vicenda, mentre la ragazza affronta Ghost Rider venendo sconfitta ma risparmiata, rintracciandolo poi nella sua identità civile: il meccanico Robbie Reyes.