Il corpo di un mafioso viene ritrovato su di una spiaggia, trasportato dalla marea: ha i piedi cementati, inequivocabile segno di un regolamento di conti mafioso. C’è anche un secondo cadavere su cui investigare, il corpo di una donna ucciso e poi divorato da cani. Mentre Bones lavora al corpo del mafioso, viene avvicinata da un infiltrato, collega di Booth Jamie Kenton (Adam Baldwin), che lavorava per la famiglia di appartenenza della vittima; ha lo scopo di fornirle supporto informativo. Booth per l’omicidio della donna sospetta di una sua vecchia conoscenza, che non era riuscito a fare arrestare in passato per mancanza di prove. Nel frattempo Bones è in pericolo di vita, quando, davanti ad un locale, viene quasi uccisa da diversi colpi di pistola. La mafia è sulle sue tracce. Nel tentativo di proteggerla, in un secondo attentato, Booth si prende in pieno l’esplosione di una bomba all’interno dell’appartamento di Bones; questa vicenda lo porta a ragionare ed a sospettare dell’amico ex infiltrato, sospettato ora di essere un doppio giochista per conto della mafia. Infatti Bones viene rapita dall’agente che ammette anche di avere fatto sparire il sospettato per le vittime delle donne e che, dopo averla uccisa, avrebbe lasciato delle piste che avrebbero portato a lui. Il provvidenziale intervento di Booth e della sua squadra però evitano il peggio, e l’ex infiltrato viene arrestato.