Bones e Booth indagno sul ritrovamento di un cadavere nel sottosuolo cittadino, dove una comunità di persone si è stabilita e vive. La vittima, un’autrice di documentari sulla vita sotterranea, è precipitata da un pozzo, ma prima è stata colpita con un oggetto contundente. Le indagini si concentrano su un cosiddetto capo gruppo, che sembra avere avuto contatti con la documentarista. L’uomo viene arrestato ma la pista non porta a nessuna uscita, e vengono quindi prese in esame anche le testimonianze di due professionisti che avevano fatto da guida alla povera sfortunata; questi ultimi diventano i principali indiziati quando, dopo avere precedentemente negato di essere scesi nel sottosuolo, vengono immortalati durante le riprese del filmato sequestrato a casa della vittima. Esce allo scoperto un antico e misterioso tesoro, che diventa il movente dell’uccisione; si tratta di lingotti d’oro e ritratti appartenenti al secolo scorso, di inestimabile valore. La vittima voleva denunciare il ritrovamento, contro la volontà dei propri carnefici. Arrestati, il capo gruppo viene rilasciato e prosciolto da ogni accusa, e rifiutando ogni aiuto dalla squadra per tornare ad un’esistenza migliore, ritorna alla propria vita sotterranea.