Durante una messa, Bart sostituisce i classici canti con In-A-Gadda-Da-Vida degli Iron Butterfly. Scoperto ciò, il reverendo Lovejoy minaccia i bambini presenti a messa, costringendoli a recitare una formula secondo la quale se chi conosce il colpevole non lo confessa avrà la dannazione eterna. Terrorizzato dalla minaccia, Milhouse confessa, e viene messo in punizione, per aver fatto la spia, insieme a Bart a pulire le canne dell’organo che Bart aveva “insudiciato”. Dopo un litigio tra i due, in cui Milhouse dice di aver temuto per la sua anima, Bart, che non crede nell’anima, decide di vendere all’amico la sua, sotto forma di un biglietto con su scritto “anima di Bart”, per cinque dollari. Inizialmente soddisfatto dello scambio, Bart inizia a cambiare idea a causa di alcuni strani avvenimenti: il Piccolo aiutante di Babbo Natale e Palla di Neve II diventano ostili nei suoi confronti, le porte automatiche non si aprono davanti a lui e non riesce più a ridere ed a creare un alone alitando sul vetro del refrigeratore per gelati del Jet Market. Decide di riacquistare la sua anima da Milhouse, che per ripicca gli chiede cinquanta dollari. Impossibilitato a riacquistare l’anima per un prezzo così alto, desiste. In seguito vive un incubo in cui tutti i suoi amici giocano e si divertono con la propria anima, mentre lui viene lasciato indietro, mentre viene anche punzecchiato da Lisa con una preghiera, in cui augura la salvezza dell’anima di tutti i membri della famiglia eccetto lui. Spaventato, decide quindi di riprendersi la propria anima con la forza. Milhouse, nel frattempo l’ha però ceduta all’uomo dei fumetti, il quale a sua volta gli rivela che l’ha rivenduta, rifiutandosi di svelare l’acquirente. Tornato a casa, disperato, prega Dio perché gli restituisca l’anima. In quel momento il foglietto con la sua anima cade sul suo letto: era stata Lisa a comprarlo (e Bart le sarà enormemente grato), per fargli imparare la lezione. Mentre Lisa gli espone una teoria filosofica secondo cui l’anima non nasce con il corpo ma va guadagnata tramite le proprie azioni, Bart mangia il foglio di carta, convinto che così la sua anima tornerà nel suo corpo.

Intanto Boe, infastidito dal fatto che il suo bar non attira più le famiglie ma solo gli ubriaconi, decide di convertire il locale in un ristorante. Pressato dalle mille attenzioni che i suoi nuovi clienti richiedono, e stressato dall’indisponenza dei bambini, tornerà presto sui suoi passi.