Una coppia di Marines viene aggredita all’uscita da un night-club. Di questi due uno viene ucciso, e l’altro viene lasciato in fin di vita. L’NCIS viene chiamata ad indagare, e l’indagine porta la squadra a Stillwater, Pennsylvania, la città natale di uno dei due Marines ed anche di Gibbs. La ricerca li conduce al proprietario di una miniera ed alla sua famiglia. Sua figlia è stata l’ex fidanzata del Marine ferito. Quando la squadra scopre che il Marine ferito è effettivamente il figlio del proprietario della miniera, l’indagine si rivolge al genero di quest’ultimo, che si scopre essere il mandante dell’attacco ai due Marines. Sempre nella sua città, il team di Gibbs incontra il padre del loro capo: Jackson Gibbs, che gestisce un negozio di alimentari. L’incontro tra padre è figlio è inizialmente freddo in quanto Gibbs non ha perdonato al padre il fatto di essersi trovato una nuova compagna dopo la morte della madre. Tuttavia il loro rapporto pian piano si rinsalda, soprattutto dopo che Jackson mostra al figlio l’auto sportiva che ha restaurato e rimesso in modo apposta per lui nel corso di 30 anni. Naturalmente Ziva, Abby, Di Nozzo e McGee sono sorpresi e stupefatti dall’incontro col padre del loro capo e cercano di capire che tipo di rapporti ci sia tra i due e cosa il vecchio Jackson abbia insegnato al figlio per renderlo ciò che è diventato. Durante l’indagine Gibbs ritrova inoltre vecchi amici ed esplora il suo passato e in particolare le origini del suo rapporto con la sua prima moglie, Shannon, madre della sua unica figlia, Kelly, entrambe uccise molti anni prima.