Mentre le guardie fermano Manche, gli altri otto dopo aver scavalcato il muro di cinta si nascondono nei pressi del Fox River in attesa di muoversi. Westmoreland invece non ce l’ha fatta ed è deceduto nell’infermeria della prigione prima di poter ricevere qualsiasi aiuto. Con una scusa, gli evasi si liberano di Haywire e salgono su un furgone lasciato da un uomo di Abruzzi per raggiungere il piccolo aeroporto. La fuga non si rivela però affatto facile: i fuggiaschi sono infatti circondati dalle guardie in tutte le direzioni e ben presto sono costretti a lasciare il furgone. T-Bag, per evitare di venire ucciso da Abruzzi, si ammanetta a Michael, rallentando però la corsa del gruppo; Abruzzi decide di utilizzare il metodo più veloce risolvere la situazione, amputandogli la mano sinistra. Al Fox River, intanto, si comincia a indagare sulla fuga e Pope capisce che Sarah li ha aiutati lasciando la porta dell’infermeria aperta. Una pattuglia si reca nell’appartamento della dottoressa ma la trova in overdose di morfina ed alcool, apparentemente morta. Delle figure oscurate discutono su come eliminare una importante persona politica facendolo sembrare una morte naturale; Inizialmente la predestinata sembrerebbe la vicepresidente Reynolds ma in realtà è il presidente in persona a morire di “cause naturali” lasciando così lo scettro proprio alla Reynolds. Michael comunica a Tweener, come già fatto in precedenza, di dover abbandonare il gruppo, a causa della sua rivelazione a Bellick della fuga, ed il ragazzo riesce a nascondersi dentro un camionetta per il trasporto cavalli, riuscendo ad attraversare il posto di blocco della polizia. Haywire scappa con una bicicletta rubata in un garage ad una bambina e con un caschetto rosso sulla testa mentre T-Bag, recuperata la sua mano amputata, scappa nei boschi molto affaticato e perdendo tanto sangue. Veronica giunge a Blackfoot e si presenta di fronte a Terrence Steadman; I due sembrano conoscersi. A causa di una soffiata, la polizia si reca nell’aeroporto e l’aereo di Abruzzi decolla poco prima l’arrivo dei ragazzi che cercano, inutilmente, in ogni modo di farsi notare gettandosi in mezzo alla pista. Ormai a Michael, Lincoln, Sucre, Abruzzi e C-Note non rimane che continuare a correre.