ةSucre si fa consegnare lo zaino con i 5 milioni di dollari e si allontana in moto dalla casa di Jeanette. Michael, dopo essersi assicurato che la donna e sua figlia riusciranno presto a liberarsi, tenta inutilmente di assicurare alla giustizia T-Bag: l’uomo infatti si è già volatilizzato. Mentre C-Note esce dalla casa cercando di evitare la polizia, Michael si dirige verso il bosco e qui lo vediamo incontrare il suo vecchio compagno di cella con il quale era in realtà d’accordo per dividere il denaro. Michael inoltre ricorda all’amico che una parte del denaro andrà alla figlia di Charles Westmoreland e che si preoccuperà di inviare una somma ingente anche alla famiglia di C-Note. I due tuttavia scoprono che nello zaino non c’è il denaro ma soltanto delle riviste: i soldi sono stati infatti presi da T-Bag, il quale, dopo aver acquistato da uno sconosciuto un pick-up, ha tutta l’intenzione di mettere in atto la sua vendetta nei confronti di Susan Hollander, la donna con cui aveva una relazione e che lo ha denunciato alla polizia. Bellick e Geary cercano però di raggiungerlo per arrivare ai suoi soldi. Sara, scioccata di fronte alla dose di morfina preparata nel suo soggiorno, viene immediatamente minacciata da un agente dei Servizi Segreti, lo stesso uomo che ha colpito a morte Veronica Donovan. Nonostante ciò, la dottoressa riesce a liberarsi dell’uomo spruzzandogli negli occhi il contenuto di una bomboletta spray. Una volta al sicuro, telefona a un collaboratore del padre informandolo della sua posizione. Poco dopo arriva sul posto una macchina scura dalla quale partono dei colpi diretti verso una donna ferma alla cabina usata da Sara e molto simile alla dottoressa; La ragazza muore poco dopo e Sara è costretta a rubarle i documenti per cercare di proteggersi. Si rende conto inoltre che non può fidarsi neanche dell’amico del padre e prova a decifrare i messaggi criptati che Michael le ha inviato attraverso degli origami. Anche Kellerman è deciso a trovare una soluzione ed entrambi riescono a decriptare i codici; A Sara però manca il quarto ed ultimo origami dove sono contenute le indicazioni sul luogo in cui potrà incontrare Michael, rimasto nel suo appartamento e recuperato Kellerman, al quale manca a sua volta il terzo messaggio di Michael. Lincoln riesce a raggiungere LJ ma è costretto a non farsi vedere per evitare i Servizi Segreti. Paga quindi un ragazzo affinché insceni una lotta con LJ per farlo finire in ospedale; Una volta arrivato in ospedale, il ragazzo viene prelevato dal padre. Michael e Sucre tentano di scappare dalla polizia ormai vicina a loro. Nel tentativo di attraversare un fiume, Sucre rimane però incastrato sotto un pesante tronco. Nonostante il ragazzo dica a Michael di lasciarlo indietro e di mettersi in salvo, Michael non abbandona l’amico e riesce a liberarlo trainando il tronco con la moto dell’amico di Sucre. Una volta in salvo, acquistano due automobili con i pochi soldi in loro possesso pronti a separarsi nuovamente in quanto, nonostante la proposta di Michael di andare con loro a Panama, Sucre, ha saputo che Maricruz non ha sposato Hector ed ha deciso di rintracciarla immediatamente. Mahone viene interrogato dagli Affari Interni che ovviamente giudicano la dinamica della morte di Tweener non compatibile con il racconto dell’agente. Poco dopo arriva però una telefonata che permette a Mahone di tornare a lavorare sul caso: l’agente dell’FBI sta infatti collaborando con Kellerman e promette a quest’ultimo che porterà a termine la missione per il quale è stato incaricato, ovvero uccidere tutti i fuggitivi del Fox River.