Dopo essere intervenuto per sbaglio in un caso della Time Patrol, Bon deve unirsi all’agente Ream per salvare vite innocenti del passato, assistendo agli eventi della storia.

Naruto Shippuden si svolge due anni e mezzo dopo che Naruto parte per allenarsi con Jiraiya. Al suo ritorno, Naruto scopre che tutti lo hanno superato di grado, e lui…